Para desarrollar aplicaciones en Java necesitamos el JDK de Java(Java Development Kit). Cuando se instala el JDK se intala además el Java JRE(Java Runtime Environment).
OpenJDK está en los repositorios oficiales de Ubuntu. En cambio la versión de Oracle del Java JDK y el JRE no, por cuestiones de licencia. Las versiones de Oracle pueden ser instalarlos de forma manual como indican en el siguiente enlace:
https://www.ubuntu-guia.com/2012/04/instalar-oracle-java-7-en-ubuntu-1204.html
o desde los repositorios con synaptic –Ubuntu 12.04.
Comando para saber la versión del entorno de Java «runtime» (JRE):
java -version
Comando para saber la versión del compilador de Java «javac» (JDK):
javac -version
Comando para seleccionar la versión de Java Runtime (JRE), si tenemos varias (no del compilador «javac»)
sudo /usr/sbin/update-alternatives –config java
Para que no haya problemas es recomendable que tanto java -version y javac -version muestren la misma versión.
Para conocer las diferencias entre el JDK 6 de Oracle frente al openJDK consultar aquí:
https://explodingjava.blogspot.com.es/2010/05/oracle-sun-jdk-vs-openjdk-and-jsf.html
En pocas palabras:
Desarrollar para Tomcat en Java,JSP y servlets con Spring, Struts2, Hibernate and Maven desplegados en Tomcat no hay problemas, pero la consola de administración del servidor de aplicaciones Glassfish no funciona. No funciona bien el framework JSF.
También hay instrucciones para instalar desde repositorios el JDK 6 de Oracle.