Krita. Programa de edición de imágenes de código libre disponible para Linux, Windows y Mac OS.
Abrimos imagen.
Filter > Colors > Color to Alpha
Clicamos en la barra «Color Picker»
Seleccionamos una región de la imagen, con el cursor del ratón, que tenga el color que queremos que sea transparente > Aceptamos.
Movemos la barra de «Threshold»[Umbral] para conseguir el efecto de transparencia deseado > Aceptamos
Exportamos la imágen con formato .png; formato que soporta las transparencias. El formato jpg, en cambio, no.
Ejemplo de imagen editada.